Microbiotes méconnus : la flore intestinale

humeur du 04/09/2013

Les lois de l’évolution ne sont toujours pas enseignées en Faculté de Médecine, et la pratique médicale ignore encore la complexité de l’écosystème qui nous tient lieu d’organisme individuel.

Alors que la génétique a régné en maître au cours des dernières décennies, on découvre avec stupéfaction que ce que nous considérions comme notre génome représente en réalité à peine 1/100 de notre patrimoine génétique réel. Car nous avons toujours ignoré le génome des flores commensales de notre peau, de nos intestins et autres muqueuses, ainsi que l’ADN des mitochondries abritées par nos cellules.

La (re)découverte du microbiote intestinal, et ses premières apparitions dans des publications médicales de haut niveau, sont peut-être le signal d’une prise de conscience de la réalité écosystémique de l’individu. Ce « réveil » s’inscrit dans une prise de conscience écologique plus large, où nous mesurons les conséquences de certains de nos excès industriels et médicaux. La flore intestinale en offre un exemple assez didactique.

La sédentarité et l’excès de consommation de sucres expliquent en grande partie l’épidémie mondiale d’obésité, mais le dérèglement de la flore intestinale y joue un rôle important. Ce dérèglement explique aussi l’augmentation des pathologies allergiques, auto-immunes et inflammatoires.
Le remplacement du lait maternel par des laits artificiels stériles, ainsi que l’utilisation immodérée des antibiotiques en pédiatrie, sont des causes désormais bien identifiées de perturbation durable, voire définitive, de la flore intestinale. La multiplication des césariennes – dont la majorité sont inutiles – empêche le nouveau-né d’avoir un contact avec la flore de la filière pelvi-génitale de sa mère, contact indispensable à la construction d’un microbiote adapté. La généralisation de l’usage des antibiotiques dans l’élevage industriel est également un élément de perturbation du microbiote du bétail, et du nôtre.

Il existe déjà des traitements efficaces consistant à transplanter des matières fécales de sujets sains, donc une flore intestinale « saine », à des sujets présentant des colites graves dues aux antibiotiques. Le dégoût qu’inspirent ces traitements, tant aux médecins qu’aux patients, permettra-t-il d’amorcer une baisse de la consommation d’antibiotiques ? Il est trop tôt pour le dire !

Hélas, toute « mode » ou « découverte », même si elle accuse des excès passés, en engendre à son tour. Celle de la « flore » fait naturellement « fleurir » un marché de probiotiques supposés « reconstruire » le microbiote intestinal et améliorer diverses pathologies, y compris psychiatriques ou psychosomatiques...

L’avenir nous dira quelle est la part de vérité dans ces propositions où la mode et le commerce semblent déjà déborder la science. La « flore » cérébrale étant certainement la plus prolifique et la plus méconnue !