Evolution rapide des bactéries pathogènes

Abstract

Depuis le premier séquençage complet d’un organisme libre, Haemophilus influenzae, la génomique a été utilisée pour sonder à la fois la biologie des pathogènes bactériens et leur évolution. Les approches sur un seul génome ont fourni des informations sur le répertoire des déterminants de la virulence et des facteurs d’interaction hôte, et, avec des analyses comparatives, ont permis de proposer des hypothèses pour expliquer l’évolution de plusieurs de ces caractères.

Ces analyses ont suggéré que de nombreux agents pathogènes bactériens étaient d’origine relativement récente et ont identifié la dégradation du génome comme un aspect clé de l’adaptation de l’hôte. L’avènement du séquençage à très haut débit a permis une analyse phylogénétique détaillée de nombreux agents pathogènes importants, révélant des modèles de propagation mondiale et locale, et une évolution récente en réponse à la pression des traitements et du système immunitaire humain.

De telles analyses ont montré que les bactéries peuvent évoluer et se transmettre très rapidement, les clones émergents montrant une adaptation et une propagation mondiale sur des années ou des décennies. La résolution obtenue avec le séquençage du génome entier a montré des avantages considérables en microbiologie clinique, permettant un suivi précis des épidémies dans les hôpitaux et sur tous les continents.

La poursuite du séquençage à grande échelle promet de nombreuses autres connaissances sur les déterminants génétiques de la résistance aux médicaments, de la virulence et de la transmission des agents pathogènes bactériens.