Le livre de Millican, écrit en 1883, est remarquable pour plusieurs raisons

- Historique : il a été publié au moment où la théorie des germes de Pasteur et Koch faisait irruption chez les médecins.

- L’auteur : il s’agit d’un médecin clinicien de terrain et non d’un chercheur

- L’innovation conceptuelle : c’est la première fois qu’un médecin a tenté d’appliquer le darwinisme à la pathologie.

L’idée centrale de Millican est que les germes des maladies spécifiques (scarlatine, rougeole, diphtérie, typhoïde, variole, etc. ) sont soumis aux lois de l’évolution et qu’ils modifient leurs caractères aux cours des générations sous l’effet de leur environnement, en l’occurrence le patient qui les héberge. Il veut dépasser une conception dans laquelle chaque maladie infectieuse serait associée à un germe spécifique, stable et définitivement distinct des autres.

Il montre que la théorie orthodoxe des germes ne suffit pas à expliquer la variation de l’expression des pathologies pour diverses raisons.

Il note une variation dans la transmission des maladies, par exemple, une scarlatine peut être d’origine chirurgicale ou puerpérale.

Il remarque la diversité des expressions cliniques pour un germe, par exemple croup et diphtérie, fièvre typhoïde aux de typhus, confusion entre rougeole et scarlatine.

Il note avec pertinence que des germes comme le staphylocoque peuvent être présents sans provoquer de maladie ou se transformer en germes très pathogènes. Ce qui signifie que l’environnement joue un rôle fondamental, tant celui de l’hôte (immunité) que celui de la géographie (chaleur ou eaux stagnantes par exemple)

Il fait d’autres suggestions audacieuses et non confirmables. Par exemple, les états cliniques indéterminés combinant les symptômes de plusieurs maladies s’expliquent par des germes en transition évolutive. Ou encore, il appelle « corrélation des maladies » le lien de parenté évolutive entre des affections voisines telles que rougeole, scarlatine et rubéole. Il suggère enfin que la rubéole est d’origine spontanée (autogénétique) comme plusieurs médecins le croyaient encore à l’époque.

De façon plus pertinente, il propose certains processus.  Si les streptocoques de l’érysipèle se cantonnent exclusivement dans les espaces lymphatiques et si le virus de la variole se concentre exclusivement dans le corps muqueux de Malpighi de l’épiderme, c’est en raison de caractères acquis héréditairement par la lutte de ces germes pour l’existence et la recherche de nourriture. Les expériences de Pasteur sur l’atténuation du choléra des poules ou les travaux sur la variation des ferments sont judicieusement cités à titre de comparaison.  De façon moins pertinente, il cite l’axolotl qui reste larve ou se transforme en adulte selon l’environnement. Cette découverte fondamentale de Marie Chauvin sur la plasticité phénotypique n’a évidemment rien à voir avec la variabilité des germes que propose Millican

Il note avec perspicacité la gravité de la rougeole dans certaines régions tropicales et sa bénignité dans nos pays, ce qui l’amène à discuter le rôle du « grain et du sol » selon l’expression de Paget qui avait noté l’importance du terrain et de l’immunité aussi bien pour le développement des microbes que pour celui des cellules cancéreuses.

La partie la plus intéressante de cette première réflexion évolutionniste en médecine est celle où il parle de la rapidité de reproduction des microorganismes, donc de leur évolution. Cette rapidité permet d'expliquer l'acquisition de propriétés pathogènes par des bactéries initialement inoffensives, l'apparition de nouvelles formes de maladies et la variation des caractéristiques d'un agent infectieux au cours de ses transmissions successives. Il souligne que cette rapidité évolutive est radicalement différente de celle des organismes supérieurs.

Ce livre est aujourd'hui considéré comme la première monographie de médecine darwinienne.

Il est certes erroné sur quelques points, Il a par exemple suggéré que le germe de la variole pouvait en germe de scarlatine ou celui de la rougeole en germe de diphtérie. Mais l’intuition de Millican sur la variation de la virulence et la plasticité des germes reste d’actualité et très pertinente.

Ce livre illustre bien la résistance du monde médical de l’époque où la théorie des germes de Pasteur et Koch. Les cliniciens ont apprécié cette vision dynamique où espèces microbiennes et maladies se transforment ensemble. Millikan utilisait le terme assez pompeux de « pathologie transcendante ».

C'est assurément un document charnière entre la théorie des germes naissante et l'idée, devenue dominante aujourd'hui, que les agents infectieux évoluent et émergent.