Viroses respiratoires et Covid-19

Partie I : Généralités sur les virus

• Différence fondamentale entre virus et bactéries
• Les bactéries fournissent leur propre énergie et sont autonomes pour se reproduire
• Les virus ont besoin d’une cellule hôte dont ils utilisent l’énergie et/ou l’ADN pour se reproduire.
• Les virus appartiennent-ils au monde vivant ?
• Non, car ils n’ont pas d’autonomie reproductrice (pensée dominante auparavant)
• Oui, car ils répondent aux lois de l’évolution (pensée dominante aujourd’hui)
• À quoi ressemble un virus ?
• C’est un brin d’ADN ou d’ARN (le brin est simple ou double et parfois entouré d’une sorte de capsule)
• Certains virus à ARN sont nommés rétrovirus, car ils doivent passer par un ADN pour se reproduire.
• Les premières formes de vie étaient des ARN semblables aux rétrovirus actuels.
• Que doit faire un virus pour se reproduire ?
• Il doit d’abord pénétrer dans une cellule grâce à une clé (celle du sars cov2 est sa protéine spike)
• Il doit donc trouver une cellule qui a la bonne serrure (celle du sars cov2 est le récepteur ACE2 de nos cellules).
• Il ne peut donc infecter que certaines espèces
• que certains types de cellules (foie, intestin, bronches, etc.)
• que les individus dont les cellules ont la bonne serrure. (Ex : les serrures des enfants sont immatures et inadaptées au coronavirus actuel)
• Ensuite, il se loge dans le cytoplasme ou l'ADN de la cellule hôte.
• Il peut alors se multiplier en utilisant l’énergie et les enzymes de la cellule hôte
• Que se passe-t-il dans une cellule infectée par un virus ?
• Soit la cellule meurt en libérant des milliers de virus (c’est la cas le plus fréquent).
• La gravité des maladies dépend ainsi de deux facteurs numériques d’origine virale
• La charge virale : c’est le nombre de virus ayant pénétré l’organisme
• Le pourcentage de cellules détruites par les virus
• C'est moins grave lorsque les cellules ont un taux de renouvellement élevé (intestins) et plus grave s'il est lent (nerfs) 
• Et de très nombreux facteurs personnels ainsi résumés :
• Intensité de la réponse inflammatoire immédiate (parfois nuisible)
• Rapidité, efficacité et durée de la réponse immunitaire
• Soit la cellule souffre mais survit en partageant ses ressources avec le virus
• Maladies chroniques (hépatites B ou C, herpès, etc.)
• Certains cancers par mutations anarchiques dues au virus (col utérin)
• Soit le virus devient très discret, voire bénéfique
• La cellule porte sans peine le fardeau du nouveau génome viral
• Parfois les virus contribuent à l’évolution de l’espèce (ex classique du placenta)
• Comment se propagent les virus ?
• Les virus répondent aux lois de l’évolution, mais ne sont pas autonomes
• Ils doivent donc impérativement pénétrer de nouvelles cellules pour se reproduire
• Cette contamination cellulaire peut avoir divers modes
• Dans le même individu, mais c’est difficile car les individus développent vite des défenses immunitaires. Et si l’individu meurt, les virus meurent avec lui. (La virulence n’est jamais une bonne stratégie !!)
• Dans de nouveaux organes (méninges pour certains virus respiratoires, nerfs pour le virus de la varicelle) mais c’est difficile, car les cellules ont des serrures différentes (« barrière d’organe »)
• Dans de nouveaux individus, c’est le plus facile et le plus fréquent, mais il faut trouver un moyen de transmission efficace.
• Dans de nouvelles espèces : c’est exceptionnel après de rares mutations qui lui permettent de franchir la « barrière d’espèce ». On parle de zoonoses. C’est le cas des nouvelles épidémies virales (grippe, SIDA, Ebola, Covid-19, etc.)
• Quels sont les moyens de transmission entre individus ?
• La voie sanguine
• Soit directement par des plaies ou des relations sexuelles avec microhémorragies (SIDA)
• Soit indirectement par des « vecteurs » (moustiques le plus souvent) (dengue, chikungunya, zika)
• La voie cutanée (peau à peau) (ex : papillomavirus)
• Les muqueuses
• Muqueuse buccale
• Directement : mononucléose, viroses respiratoires
• Indirectement : viroses respiratoires, gastroentérites (mains à la bouche)
• Muqueuses génitales (toutes les IST) (Le SIDA nécessite en plus des microhémorragies)
• Les fluides corporels : urines, sueur, sperme, etc. (Ebola)
• Les matières fécales : contamination dite oro-fécale (gastro-entérites)
• La voie respiratoire
• directe : Toux, éternuements, respiration (gouttelettes)
• indirecte : mains sur le nez ou la bouche après contact cutané
• C’est la plus facile et la plus efficace pour les virus
• C’est la plus difficile à interrompre pour nous
• Qu'est-ce qu'une maladie émergente ?
• Une maladie émergente est soit une maladie inconnue, soit la recrudescence d'une maladie connue
• Il y a eu 335 maladies émergentes entre 1940 et 2004 dont 50 zoonoses depuis 1970
• Il y en a environ 5 par an et la plupart sont des viroses d'origine animale (zoonoses)
• Parfois, l'homme est une impasse, parfois hélas, une mutation permet la transmission interhumaine (grippe aviaire, sars de 2003, Ebola et covid-19)
• Les maladies émergentes ne cesseront jamais et il ne sera jamais possible de toutes les contrôler

Partie II : Le grand groupe des viroses respiratoires

• Ce sont les virus qui ciblent les voies ORL (nez, bouche, pharynx, larynx) et respiratoires (bronches, bronchioles, poumons) :
• Influenza (grippe), para-influenza (laryngites)
• VRS (virus respiratoire syncitial) et métapneumovirus (bronchiolites)
• Coronavirus (bronchopneumopathies)
• Rhinovirus (rhino-pharyngites) et adénovirus (pneumonies et autres)
• Et les virus à transmission respiratoire ciblant d’autres organes
• Oreillons, rougeole et rubéole
• Chacun de ces virus peut avoir plusieurs « souches » ou « sérotypes » (parfois plus de 100 !)
• La grippe en compte plusieurs basés sur la numérotation de H et N (H5N1, H1N1, etc.)
• Le coronavirus comprend une dizaine de types dont trois assez virulents (SRAS Cov1, MersCov et SRAS Cov2)
• Ce sont tous des virus à ARN (sauf les adénovirus)
• Les virus à ARN subissent plus de mutations en se multipliant :
• C’est bénéfique lorsque la mutation atténue la virulence (le plus souvent)
• C’est ennuyeux lorsque la mutation aggrave la virulence
• C’est ennuyeux lorsque nous sommes immunologiquement « vierges » ou « naïfs » devant cette nouvelle mutation.
• Les viroses respiratoires existent depuis que la vie animale est sortie de l’eau (360 millions d’années) !
• La transmission est mixte : respiratoire et surtout cutanée (mains portées à la bouche, au nez et aux yeux).
• Les viroses respiratoires ne cesseront jamais quels que soient nos progrès !
• Beaucoup de viroses respiratoires humaines sont des zoonoses, (franchissement de la barrière d’espèce).
• La plus ancienne, la mieux connue et la plus meurtrière des viroses respiratoires est la grippe qui tue entre 300 000 et 500 000 personnes chaque année dans le monde
• Voici un tableau qui compare les dernières épidémies virales des XX° et XXI° siècles

• Cela permet d'évaluer la gravité relative de l’épidémie actuelle
  • Bien plus grave que SRAS et Ebola
  • Bien plus grave que les grippes saisonnières
  • 10 fois moins grave que la grippe espagnole de 1918
  • Moins grave que la grippe de 1957
  • Plus grave que la grippe de 1969, mais les morts ont été plus concentrés dans le temps (possiblement car il n'y avait pas eu de confinement en 1969) 

Partie III : Comment se protéger contre les maladies infectieuses ?

• Notre espèce a développé plusieurs parades contre les maladies infectieuses en général (virus, bactéries, protozoaires, helminthes)
• L’hygiène est la plus importante, de très loin :
• Traitement de l’eau et hygiène alimentaire pour les infections intestinales
• Hygiène sexuelle pour les IST (infections sexuellement transmissibles)
• Lavage des mains pour les infections intestinales et respiratoires
• Amélioration de l’habitat pour diverses maladies (tuberculose)
• La quarantaine, l’isolement et le confinement
• Isolement de malades (lazarets pour lépreux, sanatoriums pour tuberculeux)
• Bateaux interdits de débarquement (peste)
• Fermetures de routes (mur de la peste en Avignon), cordons sanitaires
• Confinement volontaire de tout un village sain interdisant l’accès aux étrangers
• Les vaccinations ont permis d’éliminer de très graves maladies
• Variole, polio, tétanos, diphtérie, etc.
• Rougeole, oreillons et rubéole pour les viroses à transmission respiratoire
• Les antibiotiques
• Ils sont plus récents et exclusivement curatifs
• Ils n’agissent que sur les bactéries
• Ils ont permis d’éliminer la syphilis et de guérir certaines septicémies.
• Leur principal intérêt actuel est d’éviter les complications chirurgicale
• Hélas, leur efficacité diminue avec le temps (antibiorésistance)
• Ils n’ont aucune action sur les virus
• Les antiviraux sont une nouvelle classe de médicaments
• Leur recherche s’est développée dans les années 1980 avec l’épidémie de SIDA
• Ils ont tous un rapport bénéfices/risques négatif pour les viroses classiques
• Ils ne sont utilisés que pour des maladies dont la létalité est voisine de 100%, car leur rapport bénéfices/risques devient logiquement positif.
• Aucun n’a d’effet démontré à ce jour dans les viroses respiratoires

Partie IV : Comment se protéger contre les viroses respiratoires ?

• Les viroses respiratoires sont les plus contagieuses de toutes les infections
• Elles font généralement le tour du monde en 6 mois (trafic aérien)
• On peut éventuellement ralentir la contagion, mais il est quasi impossible de l’arrêter dans les sociétés complexes, les régions surpeuplées et dans un monde globalisé.
• Heureusement, elles sont généralement peu graves et rarement létales.
• Elles guérissent sans traitement
• La létalité (nombre de morts par rapport aux nombre de malades) est généralement faible
• Elle varie de 0% (rhinovirus) à 10% (SRAS Cov1).
• La Covid-19 a une létalité de 2 % environ au niveau mondial. De 1% en France.
• Cependant, une maladie peu létale mais très contagieuse peut finir par tuer beaucoup de personnes !
• Les parades contre les viroses respiratoires sont les mêmes que pour toutes les maladies infectieuses
• Le lavage des mains reste le plus important de très loin
• Pour la grippe, les médecins ont toujours utilisé des méthodes de distanciation (arrêts de travail, alitement, éloignement des enfants)
• Le masque a été traditionnellement utilisé en Asie, mais pas dans les autres continents
• Les vaccins
• Pour qu'un vaccin antiviral soit très efficaces, il faut plusieurs conditions
  • Le virus doit être exclusivement humain
  • Le virus doit peu muter
  • l'immunité acquise doit durer longtemps
  • Il doit cibler les personnes jeunes, car les personnes âgées sont immunodéficientes
• Hélas, les virus respiratoires ne remplissent aucune de ces conditions
  • C'est pour cela que les vaccins antigrippaux sont peu efficaces (40 à 50%)
  • La grippe est la seule virose respiratoire stricte à disposer d’un vaccin
• La mise au point d’un vaccin nécessite plusieurs années, ce qui est évidemment bien trop long pour des maladies à diffusion très rapide.
  • Exceptionnellement pour la covid-19, plusieurs vaccins ont été mis au point en moins d'un an (voir plus loin)
  • La covid-19 est donc la deuxième virose respiratoire stricte à disposer de vaccins
• Cas particulier de la stratégie du confinement généralisé
• Le confinement total a été une grande première dans l'Histoire de l'humanité
  • Pour plus de la moitié des habitants de la planète
  • Interdiction de sortir de chez soi
  • Fermeture des frontières et arrêt des transports
  • Fermeture des écoles, des usines et des administrations
• Ce confinement peut sembler abusif au regard de l'Histoire des épidémies
  • La fermeture des écoles a surpris pour une maladie où la moyenne d'âge des décès est de 80 ans !
  • La transmission n'est pas supérieure dans les écoles
  • Les principaux lieux de transmission sont les salles de spectacle et les grands magasins
  • Certains effets collatéraux sont déjà bien documentés
    • Effets économiques : augmentation des inégalités sociales, chômage, augmentation de la dette
    • Chez les enfants : anxiété et retards scolaires, augmentation de la maltraitance
    • Chez les adultes : stress, violence conjugale (+60%), alcoolisme et addictions, dépressions et suicide
• Ce qui est déjà certain en épidémiologie :
• Il a permis d'éviter la surcharge trop brutale des hôpitaux
• Il a adouci le pic de mortalité en l'étalant dans le temps
• Il a diminué la qualité des soins pour d'autres maladies
• Il a retardé l'immunité de groupe
• Il a eu un impact écologique positif
• Il a diminué la qualité de vie
• L'isolement social augmente le nombre de décès d'origine cardio-vasculaire
• Ce qui est probable, mais difficile à affirmer
• Il diminuera peut-être la mortalité globale
• Il a peut-être majoré la mortalité par autres causes
• la baisse de la pollution a diminué le nombre de naissances prématurées
• La baisse de la pollution a diminué le nombre d'infarctus du myocarde (mais il y a eu moins d'appels aux urgences !)
• Il a diminué ou augmenté le stress selon les personnes avec des effets sur la morbidité et la mortalité
• La surinformation et la surprécaution majorent la dépression, surtout chez les femmes enceintes
• Ce qui est impossible à savoir
• Quelle aurait été la mortalité globale sans confinement ?
• Les modélisations sont impossibles, souvent fantaisistes ou biaisées pour des raisons politiques ou idéologiques
• la comparaison entre les pays ne permet pas de conclure dans un sens ou dans l'autre
• Quel est le rapport bénéfice/risques en termes de santé publique :
• Il est strictement impossible à évaluer à court-terme
• Il sera difficile à évaluer à moyen terme, voire à long terme
• Un confinement trop long a de graves répercussions économiques et sociales qui dégradent à leur tour la santé
• Nul n'est en mesure aujourd'hui d'évaluer l'impact sanitaire de ce bouleversement de notre écologie comportementale
• Il est certain que la stratégie du confinement est intenable à terme
• Le port du masque
• Il est théoriquement utile pour diminuer la transmission aérienne (toux, éternuements, respiration, parole)
• Cependant, il ne faut pas oublier que la transmission cutanée est aussi importante (voire plus) que la transmission aérienne
• Ce qui oblige à porter le masque à la façon des professionnels (chirurgiens et soignants):
• Se laver les mains avant de le mettre
• Ne pas le manipuler avec les mains
• Ne pas se toucher les yeux
• Avoir un masque efficace (FFP2 ou FFP3)
• Se relaver les mains après avoir touché des objets (magasin, rue, etc.)
• Le jeter ou le laver après chaque utilisation
• Ainsi, la simple observation dans la rue ou dans les écoles permet de conclure qu'il n'est pas correctement utilisé
• Des études de faible niveau de preuve ont été faites sur l'utilité du masque lors de précédentes viroses respiratoires
  • Le masque en milieu hospitalier est certainement utile, il diminue de 10 à 20% le nombre d'infections
  • Le masque en milieu fermé à forte concentration humaine (métro, fêtes, réunions, cultes) diminue la contamination
  • Le masque protège plus les autres que soi-même
  • Aucune étude sérieuse n'a été faite sur l'intérêt du port généralisé du masque dans la "vraie vie"
  • L'ensemble des études de piètre qualité montre un bénéfice infime ou nul
  • La dernière méta analyse (nov 2020) conclut à l'inefficacité du masque dans la population générale et à une faible efficacité en milieu hospitalier
• Le masque ne protège pas les yeux qui sont aussi un moyen de transmission des viroses respiratoires
• L'observation des faits dans divers pays permet de conclure que le port généralisé du masque a eu peu ou pas d'influence sur l'intensité et la fréquence des vagues
• Par ailleurs, les formes asymptomatiques sont 4 fois moins contagieuses (Il suffirait donc de ne pas sortir quand on a des symptômes)
• Le nombre de morts par million d'habitants est totalement décorrélé des législations autour du masque
• Le port du masque a également quelques effets secondaires de gravité relative
• Les lésions dermatologiques sont rarissimes. Il ne donne pas de troubles respiratoires autres que subjectifs.
• Il diminue la communication particulièrement avec les enfants et les personnes psychologiquement fragiles.
• Chez certaines personnes, il majore l'anxiété qui peut à son tour diminuer les défenses immunitaires
• Il diminue l'auto-contrôle et parasite les ressources cognitives
• Les effets négatifs sur l'apprentissage des enfants et leur socialisation sont avérés et doivent être confirmés sur le long terme
• Ainsi, le port du masque dans les écoles primaires et collèges a certainement un rapport bénéfices/risques nul ou négatif
• D'autant que les enfants transmettent moins le virus que les adultes
• Il est donc licite de conclure que le port obligatoire et généralisé du masque semble n’apporter qu'un bénéfice infime ou nul en termes de santé publique
• Le port du masque a surtout une valeur symbolique et fédérative pour montrer que l'on participe à l'effort collectif
• Les pouvoirs publics conseillent toujours le port du masque, car cette stratégie est peu coûteuse, socialement acceptée et "intuitivement" utile
• Aucun épidémiologiste ne tentera d'étude sur l'intérêt du port généralisé du masque
  • car le risque politique est trop élevé par rapport à l'espoir de résultats significatifs
  • la polémique est trop forte, particulièrement dans notre pays, pour une analyse sereine des résultats.

Partie V : Aspects épidémiologiques

• Problème du choix des critères en épidémiologie
• Les critères doivent tenir compte de la gravité de la maladie et des moyens diagnostiques
• Le nombre de cas cliniques a peu d'importance lorsque la maladie déclarée est bénigne (plus de 88% de cas asymptomatiques ou bénins pour la covid-19)
• Le nombre de tests positifs a peu d'importance lorsque la maladie est souvent asymptomatique (covid-19 et bien d'autres viroses respiratoires)
• Le nombre de cas contacts a peu d'importance lorsque la maladie est souvent bénigne ou asymptomatique
• Le nombre de patients graves ou en réanimation est important pour évaluer la dynamique épidémique, mais il dépend de la culture et de la structure sanitaire de chaque pays
• Le nombre absolu de morts est évidemment très important et il est peu contestable.
• Il faudrait cependant mieux distinguer les patients morts de la covid-19 ou avec la covid-19
• ex : un patient de 94 ans, insuffisant cardiaque ayant eu récemment une pneumonie et qui a un PCR positif est-il mort "de" ou "avec" la covid-19
• Si la maladie est la "goutte d'eau qui fait déborder le vase", on peut ne pas la comptabiliser dans la mortalité
• Certains pays comptabilisent tous les morts ayant un test diagnostique positif (ex : Belgique)
• Nous ne serons capables d'évaluer cette erreur que dans 2 ou 3 ans en notant les différentiels de mortalité générale
• Le chiffre le moins contestable est le nombre de morts par millions d'habitants sur toute la durée de l'épidémie
• Le tableau suivant donne le nombre de morts par million d'habitants. (m/Mh) (mis à jour du 20 avril 2020)

• Ce qui saute immédiatement aux yeux est la grande disparité entre continents et l'homogénéité à l'intérieur des continents
  • Les pays d'Europe sont les plus durement touchés (entre 1000 à 2000 m/Mh)
  • Suivis de près par les pays du continent américain (entre 600 et 1800 m/Mh)
  • Les pays du Moyen-Orient sont moyennement touchés (entre 400 et 800 m/Mh)
  • Les pays d'Asie et du Pacifique sont peu touchés (entre 5 et 120 m/Mh)
  • Les pays d'Afrique sont pratiquement épargnés (entre 10 et 70 m/Mh) (négligeable en regard des autres morts par maladies infectieuses)
• Ce tableau montre également :
  • aucune corrélation avec la précocité des mesures
  • aucune corrélation avec la sévérité des mesures
  • aucune corrélation avec la coercition autour des mesures
  • aucune corrélation avec le rythme des mesures
  • Et pour l'instant une faible corrélation avec la vaccination, bien qu'il soit trop tôt pour juger
• Cela signifie que tous les autres facteurs sont bien plus importants que les mesures sanitaires
• Facteurs démographique : la mortalité est évidemment plus forte si la proportion des personnes âgées est élevée
• Facteurs médico-sociaux
• Nombre de personnes plus vulnérables (obèses, hypertendus, diabétiques, insuffisants respiratoires ou cardiaques)
• Conditions de logement, précarité
• La mortalité des jeunes enfants est un peu plus élevée en Afrique en raison de la présence des diarrhées infantiles
• Facteurs immunologiques qui expliquent les exceptions africaines et asiatiques
• Les épidémies de coronavirus sont documentées en Asie de l'Est depuis 25000 ans !
• Le SRAS Cov1 de 2013 a eu peu d'extension en Asie, malgré sa grande virulence. (il n'a heureusement pas atteint l'Europe)
• La Covid-19 est bien moins présente en Asie indépendamment des mesures prises par les divers pays
• En Afrique, l'épidémie et la mortalité sont très faible, car il y a une immunité croisée avec de précédents coronavirus
• Facteurs génétiques :
• Différences génétiques entre populations (ex : polymorphisme des gènes "serrures" ACE1 et ACE2)
• De multiples différences génétiques sont bien établies entre population, y compris pour la résistance aux maladies infectieuses
• Facteurs écosystémiques
• Les mutations virales peuvent varier en fonction de leur environnement local
• Evolution générale des épidémies
• Les épidémies dans le monde végétal, animal et humain n’ont jamais cessé et ne cesseront jamais.
• L’hygiène et les vaccins les ont beaucoup diminuées en fréquence et en intensité.
• Les épidémies d’aujourd’hui sont toutes moins meurtrières que celles du passé.
• Avec ou sans intervention médicale, les épidémies cessent toujours pour plusieurs raisons isolées ou cumulées :
• Le microbe (virus ou bactérie) a tué toutes les personnes réceptives ou vulnérables
• Le microbe a perdu naturellement de sa virulence
• Un nouveau microbe entre en concurrence avec lui (possible concurrence entre grippe et Covid-19 ?)
• L’immunité de groupe a été acquise progressivement
• La maladie devient endémique (hépatites, SIDA, paludisme, dengue, viroses respiratoires) et parfois le microbe co-évolue avec son hôte (tuberculose)
• Le virus disparaît par vaccination (variole) (Un virus qui touche plusieurs espèces ne peut pas disparaître par vaccination)
• Le virus disparaît naturellement (SRAS Cov1)
• Il faut bien comprendre que les virus obéissent aux lois de l’évolution
• Leur principal but est de se reproduire
• S’ils tuent leur hôte, ils meurent avec lui et ratent leur reproduction
• La virulence n’est donc jamais une bonne stratégie
• Il est donc exceptionnel qu’une maladie soit à la fois très grave et très contagieuse
• Le SIDA est très grave et très peu contagieux
• La grippe est peu grave et très contagieuse
• Heureusement, très rares sont les maladies qui comme la peste pulmonaire et la variole ont été à la fois très graves et très contagieuses
• La contagiosité d’un microbe s’évalue de 2 façons : R0 (R-zéro) et incidence
• Le R0 est le nombre de personnes qu’un porteur (sain ou malade) peut contaminer
• Le R0 de la covid-19 se situait entre 3 et 5 en début d'épidémie (très élevé) 
• Le R0 varie aujourd’hui entre 1,5 et 4 selon les variants 
• Le R0 diminue lorsque l'immunité de groupe augmente 
• L’épidémie diminue quand le R0 devient inférieur à 1
• L'épidémie cesse lorsque le nombre de personnes immunisées est > 1-1/R0
• L'immunité naturelle contre le covid-19 est évaluée entre 15 et 20% en juin 2021 en France
• L’immunité vaccinale est d’environ 35% en France en juin 2021
• L’incidence est le nombre de personnes contaminées dans la population générale
• Très difficile à évaluer quand la maladie est bénigne ou asymptomatique
• Les tests viraux positifs (PCR) informent sur la contamination, mais pas sur la gravité de l’épidémie
• Seuls comptent les cas cliniquement évidents
• La virulence d’un microbe s’évalue avec deux chiffres principaux
• La létalité : taux de morts parmi les malades (de 2% à 6% au début de l’épidémie de covid-19, et deux fois moins aujourd’hui)
• La mortalité : taux de morts dans toute la population (0,08% en France)
• Pour les maladies peu graves on parle souvent en morts par million d’habitants (806 en France au 5/12/2020)
• Les viroses respiratoires évoluent généralement par vagues
• Il s’agit le plus souvent de vagues saisonnières (grippe, rhinovirus, etc.)
• Le rythme et l’intensité des vagues dépendent de 3 facteurs majeurs
• Durée de l’immunité induite (4 à 12 ans pour une souche de  grippe, moins d’un an pour la plupart des virus respiratoires, inconnue pour la covid-19)
• Mutations du virus
• Immunité de groupe (logiquement retardée par le confinement)
• Echec des modélisations
• Les modélisateurs reconnaissent eux-mêmes que les modélisations prospectives sont justes une fois sur deux, c'est à dire pas plus précises qu'un jeu de pile ou face !
• Dans la cas de la Covid-19 il se confirme que les modélisations en fonction des mesures sanitaires ont été majoritairement fausses
• Les plus graves erreurs sont les modélisations rétrospectives :"il se serait passé cela si on avait fait ou pas fait ceci".
• Ces modélisations rétrospectives sont aussi des malhonnêtetés, car il est impossible de revenir en arrière !
• Les facteurs des épidémies sont trop nombreux et trop labiles pour les modélisations.
• La meilleure épidémiologie est de comparer les pays après que des mesures différentes aient été prises.
• Il se confirme qu'il n'y a aucune corrélation avec les mesures, mais seulement avec la zone géographique

Partie VI : Évolution de la covid-19 due au SRAS Cov2

• À ses débuts, elle était un peu trop grave pour une maladie aussi contagieuse
• On pouvait la comparer aux épidémies de grippe de 1957 et 1969. Elle se situe encore aujourd'hui entre les deux.
• Le problème de la covid-19 est plus celui de sa contagiosité que celui de sa gravite (88% de cas asymptomatiques ou bénins)
• Elle a toujours été bénigne chez les enfants
• Bien que les femmes enceintes soient un peu plus souvent touchées, il apparaît sans danger pour l'embryon et le foetus (moins que la grippe !)
• Aujourd’hui, la virulence et la létalité ont un peu diminué pour diverses raisons possibles
• possibles mutations du virus
• les personnes les plus fragiles sont déjà décédées
• la prise en charge des patients s'est améliorée
• Il est également probable que la virulence diminue aussi par sélection naturelle
• Par contre, la contagiosité reste encore élevée
• Le R0 est supérieur à 1 dans les régions où la première vague a été faible
• La deuxième vague nationale est plutôt la somme des premières vagues de certaines régions.
• Les nouveaux variants (anglais, brésilien, sud-africain) semblent plus contagieux, les études autour de leur virulence sont contradictoires
• Il est logique que les virus les plus contagieux soient sélectionnés, lorsque l'on gêne la diffusion du virus en augmentant les mesure de protection
• Les récidives n'existent pas
• Il y a peu de cas documentés dans le monde
• Pour l'instant la durée d'immunité confirmée est de 9 mois au moins, elle sera certainement plus longue
• Il existe des formes dites "longues" dans 5% des cas, mais sans explication logique pour l'instant.
• Interrogations sur la survie du virus hors du corps humain
  • Le virus peut survivre 2 à 3 heures à l'air libre
  • Il peut survivre 2 à 3 semaines sur des objets, dans des lieux clos et humides et sans lumière naturelle
• Les paramètres les plus saillants pour le risque de mort sont au nombre de 3
  • Personnes âgées (comme pour toutes les maladies)
    • 93% des décès surviennent chez les plus de 65 ans (comme pour toutes les maladies !)
    • La moyenne d’âge des décès est de 80 ans
    • cependant, les nouveaux variants atteignent des personnes plus jeunes, mais sans être plus graves
  • Obésité (comme pour la plupart des maladies)
  • Précarité sociale (comme pour la majorité des maladies)
• Voici la liste des comorbidités qui expliquent 85% de la mortalité (la total est supérieur, car il y peut y en avoir plusieurs chez le même individu)

• Un phénomène d'auto-immunité est constaté dans les formes graves (les anticorps contre le virus se retournent contre les cellules de l'organisme)
• Environ 5% des patients nécessitent une hospitalisation et 5% d'entre eux sont réhospitalisés dans les 30 jours
• Environ 25% des patients admis en réanimation décèdent
• Les hommes sont un peu plus souvent atteints que les femmes et ont plus de formes graves
• L'origine exacte du virus est encore en débat
  • Il est certain que les chauve-souris rhinolophes constituent un réservoir naturel
  • Mais l'hôte intermédiaire n'est pas le pangolin comme on le croyait au début. En tout cas certainement pas le seul et pas de façon naturelle
  • Il y a plusieurs hôtes intermédiaires possibles car le SARS-Cov2 infecte de nombreuses espèces de mammifères
  • Des mutations se seraient produites chez ces hôtes mis "artificiellement" en contact par des activités humaines (vison, chien viverrin, pangolin)
  • L'hypothèse d'un accident de laboratoire à Wuhan n'est pas encore écartée

Partie VII : Aspects cliniques et thérapeutiques de la covid-19 ,

• L'infection par le SARS Cov2 est souvent asymptomatique
  • Il n'y a donc pas de maladie réelle dans plus de 80% des cas
• L'incubation est de 5 jours en moyenne avec des extrêmes de 2 à 20 jours
• Lorsqu'il y a des symptômes :
• Ce sont ceux d'un syndrome grippal classique : fièvre, toux, douleurs musculaires, maux de tête, maux de gorge, fatigue
• Certains sont plus typiques de la covid-19 : nausées, vomissements, diarrhée, perte de l'odorat et du goût, thromboses et accidents vasculaires
• Chez les personnes âgées : difficultés respiratoires et confusion sont des signes de gravité
• Chez les enfants, les cas sont rares, tous les symptômes sont plus légers et se limitent parfois à des vomissements
• Chez les femmes enceintes, les symptômes sont plus légers, il n'y a pas de risque pour le bébé, mais certaines femmes ont des formes assez graves
• Les signes de gravité sont d'ordre respiratoire (dans 5% des cas):
• Augmentation de la fréquence respiratoire
• Signes de pneumonie à la radio
• Baisse de la saturation en oxygène (SpO2 mesurée simplement avec un oxymètre de pouls)
• Les signes d'alerte justifiant une hospitalisation sont les suivants :
• Température supérieure à 40°
• Fréquence respiratoire > 24/min
• Pression artérielle inférieure à 10 (100 mm Hg)
• Confusion ou baisse de la vigilance
• Peau marbrée et thromboses
• Froideur des extrémités
• SpO2 < 92%
• Il est important de savoir que les signes d'aggravation surviennent en moyenne 10 jours après les premiers symptômes
• Les formes graves surviennent surtout chez les personnes de plus de 65 ans et en cas de comorbidités (tableau ci-dessus)
• Il n'y a pas de réinfection à moins d'un an, (seulement 10 cas documentés dans le monde)
• Ce virus, comme le Sars-Cov1, peut atteindre les testicules, entraînant une baisse de la spermatogenèse
• Les décès surviennent de trois façons différentes
  • 50% des décès sont dus à une co-infection bactérienne, notamment le pneumocoque, comme pour les autres viroses respiratoires
  • 30% des décès sont liés directement à une détresse respiratoire, comme dans certaines viroses respiratoires
  • 20% des décès sont liés à une réaction immunitaire exagérée ou choc cytokinique, particulier à la covid-19
• Les tests
• Il existe actuellement 3 tests qui permettent de confirmer le diagnostic de l'infection
• Le test rt-PCR qui détecte le génome du virus; il se fait par prélèvement nasal, il est assez précis (20% de faux négatifs et 5% de faux positifs)
• Le test antigénique, également par prélèvement nasal. Le résultat est plus rapide mais moins précis
• Le test rapide d'orientation diagnostique (TROD) sur une goute de sang est encore moins précis
• le test sérologique par prise de sang ne sert pas au diagnostic, mais pour savoir si l'on est immunisé (soit après la maladie, soit après le vaccin)
• Les traitements
• Les formes bénignes ne nécessitent aucun traitement (il faut simplement boire plus d'eau)
• Il n'existe aucun antiviral actif contre le virus lui-même
• l'hydroxychloroquine est inefficace, malgré les polémiques assez pittoresques dans notre pays
• Le remdesivir est inefficace, malgré le marketing odieux du laboratoire Gilead. Tous les essais sont arrêtés
• D'autres antiviraux (lopinavir et ritonavir) ont été testés sans succès, le favipiravir est à l'étude
• Les anticorps monoclonaux (tocilizumab et méplazumab) testés contre l'orage cytokinique ne confirment pas encore leurs promesses
• Le plasma de convalescent, parfois utilisé dans les maladies infectieuses, il semble ici diminuer les cas graves quand il est utilisé précocement
• La colchicine semble diminuer les hospitalisations, sans diminuer les décès
• Les seuls traitements sont symptomatiques, mais ils peuvent diviser par deux la mortalité des formes graves
• Oxygénothérapie (sonde nasale, pression positive ou intubation)
• Corticoïdes (dexaméthasone) en cas de forte réaction inflammatoire (orage cytokinique)
• Anticoagulants pour éviter les thromboses
• On a constaté des formes de protection contre les formes graves chez des patients prenant certains médicaments
  • Les antidépresseurs semblent protéger par leur légère action anti-inflammatoire
• Les essais avec le peginterféron lambda-1 semblent montrer une efficacité sur les formes graves (avec orage cytokinique)
• Quelques autres molécules sont testées sans résultat probant pour l'instant : FX06, anticorps monoclonal LY-Cov555, famotidine, des neuroleptiques, des peptides mimant l'ACE2, ivermectine, etc.
• Inversement, certains médicaments sont des facteurs d'aggravation : anticancéreux, immunosuppresseurs, anti-TNF alpha, antiinflammatoires
• Les vaccins
• Ils sont évidemment la meilleure solution théorique et pratique contre la covid-19
• La recherche a été particulièrement rapide. 180 candidats dont 40 en phase clinique !
• Il a fallu moins d'un an pour mettre au point les premiers vaccins, contre 3 à 6 ans habituellement
• Cette rapidité est due aux progrès technologiques, à l'incitation des gouvernements et à l'enjeu financier
• Hélas, cette rapidité inquiète les citoyens qui craignent un moins bon contrôle.
• On peut cependant être certain que les contrôles de sécurité sont bons, même si nous n'avons pas encore de surveillance à long terme
• Tous les vaccins (sauf 1) visent la protéine spike qui permet au SRAS Cov2 de pénétrer dans nos cellules (la "clé".)
• Sur plus de cent projets, il existe actuellement une dizaine de vaccins achevés ou en cours d'achèvement. Ils sont de 4 types différents
• Virus inactivés classiques (2 vaccins chinois)
• Adénovirus de rhinites de chimpanzé ou d'homme génétiquement modifiés (Astra Zeneca, johnson & Johnson, Spoutnik)
• Protéine de capside recombinante produite par OGM (Novavax de Medicago)
• Nouvelle technologie de l'ARN messager (Pfizer/BioNtech et Moderna)
• Le taux d'efficacité annoncé par les fabricants est supérieur à 90° pour les vaccins à ARNm et à 70% pour les autres
• On peut espérer une protection durable, malgré les variants pour l'instant non résistants au vaccin
  • On a noté des mutations sur moins de 500 nucléotides, soit 1,5% du génome du virus
  • Les mutations sur la protéine spike, n'ont pas encore pas diminué la virulence, mais ils ont augmenté la contagiosité
  • Les mutations de la protéine spike sont aléatoires, elles ne sont donc pas, pour l'instant, liées à une pression de sélection
  • Les nouveaux variants ont des mutations sur la protéine spike qui peuvent diminuer la fiabilité des tests PCR,
  • Les nouveaux variants sont susceptibles de diminuer l'efficacité des vaccins, sans véritable preuve pour l'instant
    • Le variant D614G des visons lombards n'a pas modifié la maladie ni l'action des vaccins
    • Les variants anglais, sud-africain et brésilien n'inquiètent pas trop malgré leur plus forte contagiosité
    • La mutation E484K préoccupe cependant les fabricants et obligera peut-être à réadapter les vaccins
• Il reste logiquement quelques inconnues et sujets de préoccupation
• La durée de l'immunité acquise est inconnue
  • Des données suggèrent déjà qu'elle peut être courte
  • Mais il faut se méfier de ces données (issues de Pfizer)
  • Cela peut être un prémarketing pour une vaccination annuelle
  • Il faut donc attendre les données institutionnelles
• Efficacité du vaccin sur les formes sévères
• Efficacité sur les personnes âgées
  • Toutes les personnes agées sont immunodéficientes
• Le vaccin antigrippal est moins efficace chez les personnes âgées
• De premières données parlent de 47% d'efficacité pour le vaccin anti-covid chez les personnes âgées ou immunosénescentes)
• Il manque encore des preuves sur son efficacité pour empêcher la transmission du virus
• Il manque des données pour autoriser la prescription chez les femmes enceintes
• Les effets secondaires
  • L'hypertension et les tachycardies avec les vaccins à ARNm sont fréquents sans être préoccupants
  • Les réaction inflammatoire avec les vaccins à adénovirus sont normales et logiques pour de tels vaccins
  • Les thromboses avec les vaccins à adénovirus sont rarissimes et spécifiques de personnes ayant des anticorps anti-plaquettes
  • Le syndrome de Guillain Barré n'a pas été confirmé
• La fin d'une épidémie dépend théoriquement que de trois paramètres :
  • Couverture vaccinale (CV)
  • Efficacité vaccinale (EV) (90% pour covid19)
  • Immunité naturelle de groupe (IG)
  • R0 du virus
  • Il faut que CV * EV + IG > 1 - 1/R0
• Les viroses respiratoires de l'Histoire ont suivi ce schéma évolutionniste
  • Première épidémie lors du franchisssement de la barrière d'espèce (animal->homme)
  • Passage à l'état d'endémie après immunité naturelle de groupe (l'immunité vaccinale n'existe que pour la grippe et elle est faible)
  • Pics épidémiques plus ou moins forts lors de nouvelles mutations virales
  • On peut supposer que la covid-19 suivra le même schéma

Partie VII : Particularités sociales des nouvelles épidémies

• Malgré la diminution des épidémies en nombre et en gravité, nous avons radicalement modifié notre façon de les considérer.
• C’est paradoxalement cette diminution effective qui a majoré notre besoin de sécurité sanitaire jusqu'à l'illusion de l'immortalité
• La dramatisation par les médias augmente à chaque nouvelle épidémie et se répercute inévitablement sur les décisions politiques
• Les biais d'annonce et de présentation sont innombrables, y compris sur les chaînes publiques
• La majoration du stress sur la population peut éventuellement être contre-productive en majorant l'inflammation et en diminuant les défenses immunitaires
• Les nouveaux principes éthiques imposent des soins identiques à tout âge, même si le gain d'années-qualité de vie est faible
• Les stratégies de santé publique ne se décident plus au niveau national ou régional, mais au niveau mondial.
• Les grandes institutions comme l'OMS ne tiennent pas compte des différences génétiques et immunologiques entre continents
• Les hospitalisations de plus en plus fréquentes sont aussi un facteur de contagion, car les hôpitaux sont hélas un lieu de haute transmission (sujet délicat !)
• Les médias, l'opinion publique, l'économie, et divers principes de précaution ont désormais plus de poids que la science pour ajuster les mesures sanitaires
• La rapidité des publications diminue leur rigueur scientifique et finit par dégrader l'image de la science dans l'opinion
• Ainsi, dans une société complexe où le pouvoir est éclaté, la gravité d'une épidémie peut déborder le cadre strict de la virulence du virus