Viroses respiratoires et Covid19

Partie I : Généralités sur les virus

• Différence fondamentale entre virus et bactéries
• Les bactéries fournissent leur propre énergie et sont autonomes pour se reproduire
• Les virus ont besoin d’une cellule hôte dont ils utilisent l’énergie et l’ADN pour se reproduire.
• Les virus appartiennent-ils au monde vivant ?
• Non, car ils n’ont pas d’autonomie reproductrice (pensée dominante auparavant)
• Oui, car ils répondent aux lois de l’évolution (pensée dominante aujourd’hui)
• À quoi ressemble un virus ?
• C’est un bout d’ADN ou d’ARN parfois entouré d’une sorte de capsule
• Les virus à ARN sont aussi nommés rétrovirus.
• Les premières formes de vie étaient des ARN semblables aux rétrovirus actuels.
• Que doit faire un virus pour se reproduire ?
• Il doit d’abord pénétrer dans une cellule grâce à une clé
• Il doit donc trouver une cellule qui a la bonne serrure.
• Il ne peut donc infecter que certaines espèces
• que certains types de cellules (foie, intestin, bronches, etc.)
• que les individus dont les cellules ont la bonne serrure. (Ex : les serrures des enfants semblent inadaptées (immatures) au coronavirus actuel)
• Ensuite, il se mélange à l’ADN de son hôte. (Les rétrovirus doivent auparavant utiliser une enzyme pour devenir ADN).
• Il peut alors se multiplier en utilisant l’énergie et les enzymes de la cellule hôte
• Que se passe-t-il dans une cellule infectée par un virus ?
• Soit la cellule meurt en libérant des milliers de virus (c’est la cas le plus fréquent).
• La gravité des maladies dépend ainsi de deux facteurs numériques d’origine virale
• La charge virale : c’est le nombre de virus ayant pénétré l’organisme
• Le pourcentage de cellules détruites par les virus
• Et de très nombreux facteurs personnels ainsi résumés :
• Intensité de la réponse inflammatoire immédiate (parfois nuisible)
• Rapidité, efficacité et durée de la réponse immunitaire
• Soit la cellule souffre mais survit en partageant ses ressources avec le virus
• Maladies chroniques (hépatites B ou C, herpès, etc.)
• Certains cancers par mutations anarchiques dues au virus (col utérin)
• Soit le virus devient très discret, voire bénéfique
• La cellule porte sans peine le fardeau du nouvel ADN
• Parfois les virus contribuent à l’évolution de l’espèce (ex classique du placenta)
• Comment se propagent les virus ?
• Les virus répondent aux lois de l’évolution, mais ne sont pas autonomes
• Ils doivent donc impérativement pénétrer de nouvelles cellules pour se reproduire
• La meilleure solution est de se propager
• Dans le même individu, mais c’est difficile car les individus développent vite des défenses immunitaires. Et si l’individu meurt, les virus meurent avec lui. (La virulence n’est jamais une bonne stratégie !!)
• Dans de nouveaux organes (méninges pour certains virus respiratoires, nerfs pour le virus de la varicelle) mais c’est difficile, car les cellules ont des serrures différentes (« barrière d’organe »)
• Dans de nouveaux individus, c’est le plus facile et le plus fréquent, mais il faut trouver un moyen de transmission efficace.
• Dans de nouvelles espèces : c’est exceptionnel après de rares mutations qui lui permettent de franchir la « barrière d’espèce ». On parle de zoonoses. C’est le cas des nouvelles épidémies virales (grippe, SIDA, Ebola, Covid, etc.)
• Quels sont les moyens de transmission entre individus ?
• La voie sanguine
• Soit directement par des plaies ou des relations sexuelles avec microhémorragies (SIDA)
• Soit indirectement par des « vecteurs » (moustiques le plus souvent) (dengue, chikungunya, zika)
• La voie cutanée (peau à peau) (ex : papillomavirus)
• Les muqueuses
• Muqueuse buccale
• Directement : mononucléose, viroses respiratoires
• Indirectement : viroses respiratoires, gastroentérites (mains à la bouche)
• Muqueuses génitales (toutes les IST) (Le SIDA nécessite en plus des microhémorragies)
• Les fluides corporels : urines, sueur, sperme, etc. (Ebola)
• Les matières fécales : contamination dite oro-fécale (gastro-entérites)
• La voie respiratoire directe
• Toux, éternuements, respiration (gouttelettes)
• C’est la plus facile et la plus efficace pour les virus
• C’est la plus difficile à interrompre pour nous

Partie II : Le grand groupe des viroses respiratoires

• Ce sont les virus qui ciblent les voies ORL (nez, bouche, pharynx, larynx) et respiratoires (bronches, bronchioles, poumons) :
• Influenza (grippe), para-influenza (laryngites)
• VRS (virus respiratoire syncitial) et métapneumovirus (bronchiolites)
• Coronavirus (bronchopneumopathies)
• Rhinovirus (rhino-pharyngites) et adénovirus (pneumonies et autres)
• Et les virus à transmission respiratoire ciblant d’autres organes
• Oreillons, rougeole et rubéole
• Chacun de ces virus peut avoir plusieurs « souches » ou « sérotypes » (parfois plus de 100 !)
• La grippe en compte plusieurs basés sur la numérotation de H et N (H5N1, H1N1, etc.)
• Le coronavirus comprend une dizaine de types dont deux assez virulents (SRAS Cov1 en 2013 et SRAS Cov2 en 2019)
• Ce sont tous des virus à ARN (sauf les adénovirus)
• Les virus à ARN subissent plus de mutations en se multipliant :
• C’est bénéfique lorsque la mutation atténue la virulence (le plus souvent)
• C’est ennuyeux lorsque la mutation aggrave la virulence
• C’est ennuyeux lorsque nous sommes immunologiquement « vierges » ou « naïfs » devant cette nouvelle mutation.
• Les viroses respiratoires existent depuis que la vie animale est sortie de l’eau (360 millions d’années) !
• La transmission est mixte respiratoire et cutanée (mains-bouche).
• Les viroses respiratoires ne cesseront jamais quels que soient nos progrès !
• Beaucoup de viroses respiratoires humaines sont des zoonoses, (franchissement de la barrière d’espèce).
• La plus ancienne, la mieux connue et la plus meurtrière des viroses respiratoires est la grippe qui tue entre 300 000 et 500 000 personnes chaque année dans le monde
• Voici un tableau qui compare les dernières épidémies virales des XX° et XXI° siècles

• Cela permet de relativiser la gravité de l’épidémie actuelle !

Partie III : Comment se protéger contre les maladies infectieuses ?

• Notre espèce a développé plusieurs parades contre les maladies infectieuses en général (virus, bactéries, protozoaires, helminthes)
• L’hygiène est la plus importante, de très loin :
• Traitement de l’eau et hygiène alimentaire pour les infections intestinales
• Hygiène sexuelle pour les IST (infections sexuellement transmissibles)
• Lavage des mains pour les infections intestinales et respiratoires
• Amélioration de l’habitat pour diverses maladies (tuberculose)
• La quarantaine, l’isolement et le confinement
• Isolement de malades (lazarets pour lépreux, sanatoriums pour tuberculeux)
• Bateaux interdits de débarquement (peste)
• Fermetures de routes (mur de la peste en Avignon), cordons sanitaires
• Confinement volontaire de tout un village sain interdisant l’accès aux étrangers
• Les vaccinations ont permis d’éliminer de très graves maladies
• Variole, polio, tétanos, diphtérie, etc.
• Rougeole, oreillons et rubéole pour les viroses à transmission respiratoire
• Les antibiotiques
• Ils sont plus récents et exclusivement curatifs
• Ils n’agissent que sur les bactéries
  • Ils ont permis d’éliminer la syphilis et de guérir certaines septicémies.
  • Leur principal intérêt actuel est d’éviter les complications chirurgicale
  • Hélas, leur efficacité diminue avec le temps (antibiorésistance)
• Ils n’ont aucune action sur les virus
• Les antiviraux sont une nouvelle classe de médicaments
• Leur recherche s’est développée dans les années 1980 avec l’épidémie de SIDA
• Ils ont tous un rapport bénéfices/risques négatif pour les viroses classiques
• Ils ne sont utilisés que pour des maladies dont la létalité est voisine de 100%, car leur rapport bénéfices/risques devient logiquement positif.
• Aucun n’a d’effet démontré à ce jour dans les viroses respiratoires

Partie IV : Comment se protéger contre les viroses respiratoires ?

• Les viroses respiratoires sont les plus contagieuses de toutes les infections
• Elles font généralement le tour du monde en 6 mois (trafic aérien)
• On peut éventuellement ralentir la contagion, mais il est quasi impossible de l’arrêter dans les sociétés complexes, les régions surpeuplées et dans un monde globalisé.
• Heureusement, elles sont généralement peu graves et rarement létales.
• Elles guérissent sans traitement
• La létalité varie de 0% (rhinovirus) à 10% (SRAS Cov1).
• La Covid19 a une létalité de 0,01% à 0,05%
• Cependant, une maladie peu létale mais très contagieuse augmente tout de même la mortalité !
• Les parades contre les viroses respiratoires sont les mêmes que pour toutes les maladies infectieuses
• Le lavage des mains reste le plus important de très loin
• Pour la grippe, les médecins ont toujours utilisé des méthodes de distanciation (arrêts de travail, alitement, éloignement des enfants)
• Le masque a été traditionnellement utilisé en Asie, mais pas dans les autres continents
• Le problème des vaccins
• La grippe est la seule virose respiratoire stricte à disposer d’un vaccin
• Hélas, les vaccins antigrippaux sont peu efficaces (40 à 50%)
• Certaines caractéristiques empêchent le succès des vaccinations :
• Lorsque le virus mute souvent (grippe)
• Lorsque le virus peut traverser la barrière d’espèce (grippe, SRAS, Covid19)
• Lorsque sa cible est constituée de personnes âgées qui ont naturellement un déficit immunitaire (immunosénescence).
• La mise au point d’un vaccin nécessite plusieurs années, ce qui est évidemment bien trop long pour des maladies à diffusion très rapide.
• Actuellement, la recherche s’active contre la Covid19, mais il est impossible de savoir quelle sera la qualité et la durée d’efficacité d’un éventuel vaccin. 
• Cas particulier du confinement généralisé
• Pour la Covid19 on a organisé le confinement pendant plusieurs mois
• Pour plus de la moitié des habitants de la planète
• Interdiction de sortir de chez soi
• Fermeture des frontières et arrêt des transports
• Fermetures des écoles, des usines et des administrations
• Cela a constitué une grande première dans l’Histoire de l’humanité.
• Ce confinement semble abusif au regard de la relative bénignité de la maladie
• La fermeture des écoles a surpris pour une maladie où la médiane des décès est de 80 ans !
• Les effets collatéraux seront difficiles à évaluer à court terme
• Effets économiques : augmentation des inégalités sociales, chômage, dépressions et suicides
• Chez les enfants : anxiété et retards scolaires
• Chez les adultes : stress, violence conjugale, alcoolisme et addictions
• Quelle a été l’efficacité de ce confinement ?
• Elle est strictement impossible à modéliser
• Elle semble modérée si l’on compare les pays (cas de: la Suède)
• Quel est le rapport bénéfice/risques en termes de santé publique :
• Il est impossible à évaluer à court-terme
• Il risque d’être nul, voire négatif à plus long terme
• Le port du masque (voir à la fin)

• Le tableau suivant montre la décorrélation entre le nb de morts par million d’habitant (seul chiffre de valeur épidémiologique incontestable) et les mesures prises par les différents pays. (Mis à jour 15 sep 2020)

• Quelle que soit notre opinion sur le confinement, les tests ou le masque, on trouve toujours un pays qui peut confirmer cette opinion.
• Cela signifie que les facteurs sont infiniment plus nombreux et plus complexes (immunologiques, démographiques, génétiques, écosystémiques, etc.)

Partie V : Evolution des épidémies

• Les épidémies dans le monde végétal, animal et humain n’ont jamais cessé et ne cesseront jamais.
• L’hygiène et les vaccins les ont beaucoup diminuées en fréquence et en intensité.
• Les épidémies d’aujourd’hui sont toutes moins meurtrières que celles du passé.
• Avec ou sans intervention médicale, les épidémies cessent toujours pour plusieurs raisons isolées ou cumulées :
• Le microbe (virus ou bactérie) a tué toutes les personnes réceptives ou vulnérables
• Le microbe a perdu naturellement de sa virulence
• Un nouveau microbe entre en concurrence avec lui (possible concurrence entre grippe et Covid19 ?)
• L’immunité de groupe a été acquise progressivement
• La maladie devient endémique (hépatites, SIDA, paludisme, dengue, viroses respiratoires) et parfois le microbe co-évolue avec son hôte (tuberculose)
• Le virus disparaît par vaccination (variole) (Un virus qui touche plusieurs espèces ne peut pas disparaître par vaccination)
• Le virus disparaît naturellement (SRAS Cov1)
• Il faut bien comprendre que les virus obéissent aux lois de l’évolution
• Leur principal but est de se reproduire
• S’ils tuent leur hôte, ils meurent avec lui et ratent leur reproduction
• La virulence n’est donc jamais une bonne stratégie
• Il est donc exceptionnel qu’une maladie soit à la fois très grave et très contagieuse
  • Le SIDA est très grave et très peu contagieux
  • La grippe est peu grave et très contagieuse
  • Heureusement, très rares sont les maladies qui comme la peste pulmonaire et la variole ont été à la fois très graves et très contagieuses.
• Le profil épidémiologique d’une maladie peut varier énormément d’un pays à l’autres par de multiples facteurs indépendants du système sanitaire et rarement mentionnés par les comités scientifiques et les commentateurs
• Différence immunologiques entre populations (probablement plus fortes que les différences physiques et culturelles). Le SRAS Cov1 a été plus sévère que la Covid19 en Asie et inversement pour l’Europe.
• Différences génétiques entre populations (ex : polymorphismes génétiques sur les « serrures » des cellules)
• Densité démographie et la pyramide des âges
• Les mutations variables des virus en fonction de l’environnement local
• La contagiosité d’un microbe s’évalue de 2 façons : R0 (Rzéro) et incidence
• Le R0 est le nombre de personnes qu’un porteur (sain ou malade) peut contaminer
• Le R0 de la covid19 se situe aux environs de 3 
• L’épidémie diminue quand le R0 devient inférieur à 1
• L'immunité de groupe se calcule à partir du R0 (Il faudrait donc 67% d'immunisés pour que l'épidémie de covid cesse)
• L'immunité collective contre le covid19 est actuellement inférieure à 15% en France ?
• L’incidence est le nombre de personnes contaminées dans la population générale
• Très difficile à évaluer quand la maladie est bénigne ou asymptomatique
• Un test viral positif (PCR) ne donne aucune information sur la gravité de l’épidémie
• Seuls comptent les cas cliniquement évidents
• La virulence d’un microbe s’évalue avec deux chiffres principaux
• La létalité : taux de morts parmi les malades (de 2% à 5% au début de l’épidémie de covid 19, et deux fois moins aujourd’hui)
• La mortalité : taux de morts dans toute la population (0,04% en France)
• Pour les maladies peu graves on parle souvent en morts par million d’habitants (460 en France)
• Les viroses respiratoires évoluent généralement par vagues
• Il s’agit le plus souvent de vagues saisonnières (grippe, rhinovirus, etc.)
• Le rythme et l’intensité des vagues dépendent de 3 facteurs majeurs
• Durée de l’immunité induite (4 à 12 ans pour une souche de  grippe, moins d’un an pour la plupart des virus respiratoires, inconnue pour la covid19)
• Mutations du virus
• Immunité de groupe (logiquement retardée par le confinement)

Partie VI : Évolution de la covid19 due au SRAS Cov2

• À ses débuts, elle était un peu trop grave pour une maladie aussi contagieuse
• On pouvait la comparer à la grippe de 1969
• Elle a toujours été bénigne chez les enfants et les femmes enceintes
• Aujourd’hui, la virulence semble avoir nettement diminué (probable mutation Δ382 et autres inconnues)
• La létalité a été divisée par deux
• La mortalité est passée de 5000 à 50 décès par semaine entre le pic et aujourd’hui.
• Par contre, la contagiosité reste encore élevée
• Le R0 est supérieur à 1 dans les régions où la première vague a été faible
• On peut conclure que la deuxième vague nationale est plutôt une première vague dans certaines régions.
• Les décès par Covid19 surviennent essentiellement chez des personnes âgées
• 93% des décès surviennent chez les plus de 65 ans
• Comme pour toutes les maladies !
• La médiane d’âge des décès est de 80 ans
• Les décès sont également plus fréquents dans les classes défavorisées
• Comme pour la majorité des maladies !
• 84% des décès surviennent essentiellement en cas de comorbidité (le tableau suivant donne un total supérieur, car il y a parfois plusieurs comorbidités chez le même individu)

Partie VII : Particularités sociales de l’épidémie actuelle

• Malgré la diminution des épidémies en nombre et en gravité, nous avons radicalement modifié notre façon de les considérer.
• C’est précisément la diminution des épidémies qui a créé l’idée de l’immortalité
• L’illusion de l’immortalité prospère sous l’influence de :
• la démagogie sanitaire
• la protection sociale
• le marché sanitaire
• La dramatisation est accentuée par les médias et justifiée par le principe de précaution
• Les soins sont prodigués avec la même intensité sans tenir compte de l’âge
• Ceci est devenu une norme éthique, tout à fait honorable
• Mais provoque engorgement et désorganisation du système sanitaire
• Pour un médiocre gain global d’années/qualité de vie
• Les stratégies de santé publique ne se décident plus au niveau national ou régional, mais au niveau mondial.
• L’OMS décide ce qu’est une pandémie, quelle est sa gravité, et donne la ligne directrice pour les moyens de lutte. Ceci entraîne une cascade de fuites en avant :
• Les ministères sont dans l’obligation de s’aligner au risque d’une contestation populaire et d’une opposition politique qui les accuseraient de tous les morts
• Les mairies et territoires en rajoutent souvent pour des raisons électorales
• Les administrations font de la surenchère sous diverses pressions (syndicales et autres)
• Les commerçants se muent en gendarmes par peur des contrôles
• Les citoyens se font les héros de cette protection par angoisse, naïveté  ou civisme
• Les médias cultivent la polémique et le catastrophisme en boucle en entraînant :
• Quasi-abolition de la pensée autonome
• Suppression du libre-arbitre.
• Majoration du stress qui induit à son tour induire de l’inflammation et diminution des défenses immunitaires (contre-productif !).
• Le plus critiquable est le manque de rigueur scientifique par mélange des critères épidémiologiques :
• Au début on parlait des cas graves, d’admissions en réanimation et de morts
• Ensuite on a parlé des cas cliniques et de l’incidence
• Aujourd’hui, on parle des tests positifs et des cas asymptomatiques
• La confusion qui en résulte dégrade l’image de la science
• Donnant parfois l’impression d’infantilisation ou de manipulations
• Ainsi, dans une société complexe où le pouvoir est éclaté, ce n’est plus seulement la virulence du virus qui fait la gravité d’une épidémie.
• On peut parler de pathologie sociale, plus effrayante, et dont l’évolution est imprévisible par manque de modèle historique. Par exemple les effets sur l’anxiété des enfants et des personnes psychologiquement fragiles sont pour l’instant impossibles à évaluer.

Partie VIII : Discussion autour du port du masque

• Comme il n’existe aucune étude sérieuse prouvant l’utilité du port généralisé du masque, on est obligé d’avoir recours à d’autres types d’arguments
• Théoriques
• Observations pratiques
• Données factuelles indirectes
• Théoriquement
• Le port du masque est logiquement capable de diminuer la transmission aérienne (toux, éternuements, respiration)
• Mais il ne peut pas diminuer la transmission cutanée si on le touche ou le manipule constamment
• Si le masque n’est jamais changé, il peut même devenir un réservoir de virus et éventuellement augmenter la charge virale en cas de contact cutané (effet contraire à celui espéré !)
• Chez les professionnels qui l’utilisent correctement (changement régulier et pas de manipulation, certaines études prouvent son utilité (modérée)
• Il est logiquement plus utile dans les milieux fermés à forte concentration humaine (bals, fêtes, etc.) que dans les milieux ouverts (rues)
• Nous savons désormais que la transmission se fait entre adultes et des adultes aux enfants, mais presque jamais des enfants aux adultes. Le port du masque dans les écoles pourrait encore se justifier chez les professeurs, mais pas chez les collégiens.
• Observations pratiques
• L’observation des comportements dans la rue et dans les écoles confirme une utilisation non conforme à l’usage professionnel.
• Il n’y a donc probablement pas de diminution de la transmission cutanée
• Les types de masque utilisés sont loin des normes professionnelles (FFP2 et FFP3)
• Les masques non changés et sans cesse manipulés peuvent augmenter la charge virale et accumuler  d’autres germes
• La violence polémique (politique, syndicale ou médiatique) autour du masque depuis des mois empêche la sérénité des observations et la rigueur des conclusions
• Le débat échappe à toute raison et construit de dangereuses oppositions factices :
• conformisme contre conspirationnisme ou complotisme
• pro contre anti-masques
• civisme contre incivisme
• soumission contre libre-arbitre
• voire responsables contre criminels ! (entendu sur une radio publique !)
• Bref, d’un côté comme de l’autre, on est bien loin de la science épidémiologique et des données factuelles.
• Rares sont ceux qui notent que l’augmentation (dite alarmante) du nombre de cas ne semble pas été influencée par l’obligation généralisée du port du masque !
• On peut toujours arguer que ce serait bien pire sans cette obligation, mais cette uchronie est un argument peu recevable ! Deux suggestions paraissent plus licites :
• soit le masque dans la rue est inutile
• soit l’augmentation du nombre de cas est un leurre ou un biais
• Le masque se révèle source de divers problèmes dont la bénignité est discutable
• troubles respiratoires subjectifs
• irritations et lésions dermatologiques
• baisse de communication
• perte d’autocontrôle et parasitage des ressources cognitives
• diverses formes d’anxiété et de dépression qui diminuent les défenses immunitaires (facteur d'aggravation de l'épidémie).
• Données factuelles indirectes
• Les tableaux précédents ont montré une décorrélation entre l’intensité des mesures et la mortalité par million d’habitants dans les pays
• On constate aujourd’hui la même décorrélation entre port obligatoire du masque et l’évolution du nombre de cas dans les régions
• On compte environ 0,7% de cas cliniques confirmés dans la population française générale et 1% de cas cliniques confirmés parmi le personnel soignant, malgré le port professionnel du masque. Certes, les soignants sont plus exposés, le masque est certainement efficace, mais pas de façon spectaculaire. Précisons qu'il y a peu de morts parmi le personnel soignant ( 20 ?) car il s'agit généralement de personnes plus jeunes)
• En Asie, seul continent où le masque a été porté traditionnellement, les épidémies de grippe ne sont pas moins meurtrières qu’ailleurs. Le masque n’a pas empêché leur exportation (ex : grippe de Hong-Kong)
• En conclusion
• Le port obligatoire et généralisé du masque semble n’apporter qu'un bénéfice infime ou nul en termes de santé publique
• Son rapport bénéfices/risques à moyen-terme dans les écoles est certainement négatif
• Mais le consensus épidémiologique est inaccessible pour toutes les raisons invoquées.
• Il ne nous reste plus qu’à retrouver le bon sens et l’autonomie en attendant que ce virus respiratoire, comme bien d’autres avant lui, fasse partie de notre environnement familier…