Viroses respiratoires et Covid-19

Partie I : Généralités sur les virus

• Différence fondamentale entre virus et bactéries
• Les bactéries fournissent leur propre énergie et sont autonomes pour se reproduire
• Les virus ont besoin d’une cellule hôte dont ils utilisent l’énergie et/ou l’ADN pour se reproduire.
• Les virus appartiennent-ils au monde vivant ?
• Non, car ils n’ont pas d’autonomie reproductrice (pensée dominante auparavant)
• Oui, car ils répondent aux lois de l’évolution (pensée dominante aujourd’hui)
• À quoi ressemble un virus ?
• C’est un brin d’ADN ou d’ARN (le brin est simple ou double et parfois entouré d’une sorte de capsule)
• Certains virus à ARN sont nommés rétrovirus, car ils doivent passer par un ADN pour se reproduire.
• Les premières formes de vie étaient des ARN semblables aux rétrovirus actuels.
• Que doit faire un virus pour se reproduire ?
• Il doit d’abord pénétrer dans une cellule grâce à une clé
• Il doit donc trouver une cellule qui a la bonne serrure.
• Il ne peut donc infecter que certaines espèces
• que certains types de cellules (foie, intestin, bronches, etc.)
• que les individus dont les cellules ont la bonne serrure. (Ex : les serrures des enfants sont immatures et inadaptées au coronavirus actuel)
• Ensuite, il se loge dans le cytoplasme ou l'ADN de la cellule hôte.
• Il peut alors se multiplier en utilisant l’énergie et les enzymes de la cellule hôte
• Que se passe-t-il dans une cellule infectée par un virus ?
• Soit la cellule meurt en libérant des milliers de virus (c’est la cas le plus fréquent).
• La gravité des maladies dépend ainsi de deux facteurs numériques d’origine virale
• La charge virale : c’est le nombre de virus ayant pénétré l’organisme
• Le pourcentage de cellules détruites par les virus
• C'est moins grave lorsque les cellules ont un taux de renouvellement élevé (intestins) et plus grave s'il est lent (nerfs) 
• Et de très nombreux facteurs personnels ainsi résumés :
• Intensité de la réponse inflammatoire immédiate (parfois nuisible)
• Rapidité, efficacité et durée de la réponse immunitaire
• Soit la cellule souffre mais survit en partageant ses ressources avec le virus
• Maladies chroniques (hépatites B ou C, herpès, etc.)
• Certains cancers par mutations anarchiques dues au virus (col utérin)
• Soit le virus devient très discret, voire bénéfique
• La cellule porte sans peine le fardeau du nouveau génome viral
• Parfois les virus contribuent à l’évolution de l’espèce (ex classique du placenta)
• Comment se propagent les virus ?
• Les virus répondent aux lois de l’évolution, mais ne sont pas autonomes
• Ils doivent donc impérativement pénétrer de nouvelles cellules pour se reproduire
• Cette contamination cellulaire peut avoir divers modes
• Dans le même individu, mais c’est difficile car les individus développent vite des défenses immunitaires. Et si l’individu meurt, les virus meurent avec lui. (La virulence n’est jamais une bonne stratégie !!)
• Dans de nouveaux organes (méninges pour certains virus respiratoires, nerfs pour le virus de la varicelle) mais c’est difficile, car les cellules ont des serrures différentes (« barrière d’organe »)
• Dans de nouveaux individus, c’est le plus facile et le plus fréquent, mais il faut trouver un moyen de transmission efficace.
• Dans de nouvelles espèces : c’est exceptionnel après de rares mutations qui lui permettent de franchir la « barrière d’espèce ». On parle de zoonoses. C’est le cas des nouvelles épidémies virales (grippe, SIDA, Ebola, Covid-19, etc.)
• Quels sont les moyens de transmission entre individus ?
• La voie sanguine
• Soit directement par des plaies ou des relations sexuelles avec microhémorragies (SIDA)
• Soit indirectement par des « vecteurs » (moustiques le plus souvent) (dengue, chikungunya, zika)
• La voie cutanée (peau à peau) (ex : papillomavirus)
• Les muqueuses
• Muqueuse buccale
• Directement : mononucléose, viroses respiratoires
• Indirectement : viroses respiratoires, gastroentérites (mains à la bouche)
• Muqueuses génitales (toutes les IST) (Le SIDA nécessite en plus des microhémorragies)
• Les fluides corporels : urines, sueur, sperme, etc. (Ebola)
• Les matières fécales : contamination dite oro-fécale (gastro-entérites)
• La voie respiratoire
• directe : Toux, éternuements, respiration (gouttelettes)
• indirecte : mains sur le nez ou la bouche après contact cutané
• C’est la plus facile et la plus efficace pour les virus
• C’est la plus difficile à interrompre pour nous

Partie II : Le grand groupe des viroses respiratoires

• Ce sont les virus qui ciblent les voies ORL (nez, bouche, pharynx, larynx) et respiratoires (bronches, bronchioles, poumons) :
• Influenza (grippe), para-influenza (laryngites)
• VRS (virus respiratoire syncitial) et métapneumovirus (bronchiolites)
• Coronavirus (bronchopneumopathies)
• Rhinovirus (rhino-pharyngites) et adénovirus (pneumonies et autres)
• Et les virus à transmission respiratoire ciblant d’autres organes
• Oreillons, rougeole et rubéole
• Chacun de ces virus peut avoir plusieurs « souches » ou « sérotypes » (parfois plus de 100 !)
• La grippe en compte plusieurs basés sur la numérotation de H et N (H5N1, H1N1, etc.)
• Le coronavirus comprend une dizaine de types dont deux assez virulents (SRAS Cov1 en 2013 et SRAS Cov2 en 2019)
• Ce sont tous des virus à ARN (sauf les adénovirus)
• Les virus à ARN subissent plus de mutations en se multipliant :
• C’est bénéfique lorsque la mutation atténue la virulence (le plus souvent)
• C’est ennuyeux lorsque la mutation aggrave la virulence
• C’est ennuyeux lorsque nous sommes immunologiquement « vierges » ou « naïfs » devant cette nouvelle mutation.
• Les viroses respiratoires existent depuis que la vie animale est sortie de l’eau (360 millions d’années) !
• La transmission est mixte : respiratoire et surtout cutanée (mains portées à la bouche, au nez et aux yeux).
• Les viroses respiratoires ne cesseront jamais quels que soient nos progrès !
• Beaucoup de viroses respiratoires humaines sont des zoonoses, (franchissement de la barrière d’espèce).
• La plus ancienne, la mieux connue et la plus meurtrière des viroses respiratoires est la grippe qui tue entre 300 000 et 500 000 personnes chaque année dans le monde
• Voici un tableau qui compare les dernières épidémies virales des XX° et XXI° siècles

• Cela permet d'évaluer la relative gravité de l’épidémie actuelle : intermédiaire entre la grippe de 1957 et celle de 1969. Tout en sachant que l'âge moyen des morts était inférieur à cette époque et que la mortalité a été plus concentrée dans le temps (possiblement car il n'y a pas eu de confinement ?) 

Partie III : Comment se protéger contre les maladies infectieuses ?

• Notre espèce a développé plusieurs parades contre les maladies infectieuses en général (virus, bactéries, protozoaires, helminthes)
• L’hygiène est la plus importante, de très loin :
• Traitement de l’eau et hygiène alimentaire pour les infections intestinales
• Hygiène sexuelle pour les IST (infections sexuellement transmissibles)
• Lavage des mains pour les infections intestinales et respiratoires
• Amélioration de l’habitat pour diverses maladies (tuberculose)
• La quarantaine, l’isolement et le confinement
• Isolement de malades (lazarets pour lépreux, sanatoriums pour tuberculeux)
• Bateaux interdits de débarquement (peste)
• Fermetures de routes (mur de la peste en Avignon), cordons sanitaires
• Confinement volontaire de tout un village sain interdisant l’accès aux étrangers
• Les vaccinations ont permis d’éliminer de très graves maladies
• Variole, polio, tétanos, diphtérie, etc.
• Rougeole, oreillons et rubéole pour les viroses à transmission respiratoire
• Les antibiotiques
• Ils sont plus récents et exclusivement curatifs
• Ils n’agissent que sur les bactéries
• Ils ont permis d’éliminer la syphilis et de guérir certaines septicémies.
• Leur principal intérêt actuel est d’éviter les complications chirurgicale
• Hélas, leur efficacité diminue avec le temps (antibiorésistance)
• Ils n’ont aucune action sur les virus
• Les antiviraux sont une nouvelle classe de médicaments
• Leur recherche s’est développée dans les années 1980 avec l’épidémie de SIDA
• Ils ont tous un rapport bénéfices/risques négatif pour les viroses classiques
• Ils ne sont utilisés que pour des maladies dont la létalité est voisine de 100%, car leur rapport bénéfices/risques devient logiquement positif.
• Aucun n’a d’effet démontré à ce jour dans les viroses respiratoires

Partie IV : Comment se protéger contre les viroses respiratoires ?

• Les viroses respiratoires sont les plus contagieuses de toutes les infections
• Elles font généralement le tour du monde en 6 mois (trafic aérien)
• On peut éventuellement ralentir la contagion, mais il est quasi impossible de l’arrêter dans les sociétés complexes, les régions surpeuplées et dans un monde globalisé.
• Heureusement, elles sont généralement peu graves et rarement létales.
• Elles guérissent sans traitement
• La létalité (nombre de morts par rapport aux nombre de malades) est généralement faible
• Elle varie de 0% (rhinovirus) à 10% (SRAS Cov1).
• La Covid-19 a une létalité de 2 à 3 %
• Cependant, une maladie peu létale mais très contagieuse peut finir par tuer beaucoup de personnes !
• Les parades contre les viroses respiratoires sont les mêmes que pour toutes les maladies infectieuses
• Le lavage des mains reste le plus important de très loin
• Pour la grippe, les médecins ont toujours utilisé des méthodes de distanciation (arrêts de travail, alitement, éloignement des enfants)
• Le masque a été traditionnellement utilisé en Asie, mais pas dans les autres continents
• Les vaccins
• La grippe est la seule virose respiratoire stricte à disposer d’un vaccin
• Hélas, les vaccins antigrippaux sont peu efficaces (40 à 50%)
• Certaines caractéristiques empêchent le succès des vaccinations :
• Lorsque le virus mute souvent (grippe)
• Lorsque le virus peut traverser la barrière d’espèce (grippe, SRAS, Covid-19)
• Lorsque sa cible est constituée de personnes âgées qui ont naturellement un déficit immunitaire (immunosénescence).
• La mise au point d’un vaccin nécessite plusieurs années, ce qui est évidemment bien trop long pour des maladies à diffusion très rapide.
  • Exceptionnellement pour la Covid-19, plusieurs vaccins ont été mis au point en moins d'un an (voir plus loin)
• Cas particulier du confinement généralisé de la covid-19
• Il a duré plusieurs mois
• Pour plus de la moitié des habitants de la planète
• Interdiction de sortir de chez soi
• Fermeture des frontières et arrêt des transports
• Fermetures des écoles, des usines et des administrations
• Cela a constitué une grande première dans l’Histoire de l’humanité.
• Ce confinement peut sembler abusif au regard de l'Histoire des épidémies
• La fermeture des écoles a surpris pour une maladie où la moyenne d'âge des décès est de 80 ans !
• Les effets collatéraux seront difficiles à évaluer à court terme
• Effets économiques : augmentation des inégalités sociales, chômage, augmentation de la dette
• Chez les enfants : anxiété et retards scolaires
• Chez les adultes : stress, violence conjugale, alcoolisme et addictions, dépressions et suicides
• L'isolement social augmente le nombre de décès d'origine cardio-vasculaire
• L'efficacité du confinement est difficile à évaluer sur les divers paramètres
• Ce qui semble certain dans plusieurs régions :
• Il a permis d'éviter la surcharge trop brutale des hôpitaux
• Il a adouci le pic de mortalité en l'étalant dans le temps
• Il a diminué la qualité des soins pour d'autres maladies
• Il a retardé l'immunité de groupe
• Ce qui est probable, mais difficile à affirmer
• Il diminuera peut-être la mortalité globale
• Il a peut-être majoré la mortalité par autres causes
• la baisse de la pollution a diminué le nombre de naissances prématurées
• La baisse de la pollution a diminué le nombre d'infarctus du myocarde (mais il y a eu moins d'appels aux urgences !)
• Il a diminué ou augmenté le stress selon les personnes avec des effets sur la morbidité et la mortalité
• La surinformation et la surprécaution majorent la dépression, surtout ches les femmes enceintes
• Ce qui est impossible à savoir
• Quelle aurait été la mortalité globale sans confinement ?
• Les modélisations sont impossibles, souvent fantaisistes ou biaisées pour des raisons politiques ou idéologiques
• la comparaison entre les pays ne permet pas de conclure dans un sens ou dans l'autre
• Quel est le rapport bénéfice/risques en termes de santé publique :
• Il est strictement impossible à évaluer à court-terme
• Il sera difficile à évaluer à moyen terme, voire à long terme
• Le port du masque
• Il est théoriquement utile pour diminuer la transmission aérienne (toux, éternuements, respiration, parole)
• Cependant, il ne faut pas oublier que la transmission cutanée est aussi importante (voire plus) que la transmission aérienne
• Ce qui oblige à porter le masque à la façon des professionnels (chirurgiens et soignants):
• Se laver les mains avant de le mettre
• Ne pas le manipuler avec les mains
• Ne pas se toucher les yeux
• Avoir un masque efficace (FFP2 ou FFP3)
• Se relaver les mains après avoir touché des objets (magasin, rue, etc.)
• Le jeter ou le laver après chaque utilisation
• Ainsi, la simple observation dans la rue ou dans les écoles permet de conclure qu'il n'est pas correctement utilisé
• Des études de faible niveau de preuve ont été faites sur l'utilité du masque lors de précédentes viroses respoiratoires
  • Le masque en milieu hospitalier est certainement utile
  • Le masque en milieu fermé à forte concentration humaine (métro, fêtes, réunions, cultes) diminue la contamination
  • Le masque est utile quand il est porté par une personne contaminée.
  • Le masque protège plus les autres que soi-même
  • Aucune étude sérieuse n'a été faite sur l'intérêt du port généralisé du masque dans la "vraie vie"
  • L'ensemble des études de piètre qualité montre un bénéfice infime ou nul
• Le masque ne protège pas les yeux qui sont aussi un moyen de transmission des viroses respiratoires
• L'observation des faits dans divers pays permet de conclure que le port généralisé du masque a eu peu ou pas d'influence sur l'intensité et la fréquence des vagues
• Le tableau précédent montre que le nombre de morts par millions d'habitants est totalement décorrélé des législations autour du masque
• Le port du masque a également quelques effets secondaires de gravité relative
• Les lésions dermatologiques sont rarissimes. Il ne donne pas de troubles respiratoires autres que subjectifs.
• Il diminue la communication particulièrement avec les enfants et les personnes psychologiquement fragiles.
• Chez certaines personnes, il majore l'anxiété qui peut à son tour diminuer les défenses immunitaires
• Il diminue l'auto-contrôle et parasite les ressources cognitives
• Les effets négatifs sur l'apprentissage des enfants et leur socialisation sont avérés et doivent être confirmés sur le long terme
• Ainsi, le port du masque dans les écoles primaires et collèges a certainement un rapport bénéfices/risques nul ou négatif
• Il est donc licite de conclure que le port obligatoire et généralisé du masque semble n’apporter qu'un bénéfice infime ou nul en termes de santé publique
• Le port du masque a surtout une valeur symbolique et fédérative pour montrer que l'on participe à l'effort collectif
• Enfin, dans notre pays, le sujet du masque a pris une dimension politique qui altère définitivement la science et la raison épidémiologiques.

Partie V : Aspects épidémiologiques

• Problème du choix des critères en épidémiologie
• Les critères doivent tenir compte de la gravité de la maladie et des moyens diagnostiques
• Le nombre de cas cliniques a peu d'importance lorsque la maladie déclarée est bénigne (plus de 85% de cas bénins pour la covid-19)
• Le nombre de tests positifs a peu d'importance lorsque la maladie est souvent asymptomatique (covid-19 et bien d'autres viroses respiratoires)
• Le nombre de cas contacts a peu d'importance lorsque la maladie est souvent bénigne ou asymptomatique
• Le nombre de patients graves ou en réanimation est très important pour évaluer la dynamique épidémique, mais il dépend de la culture de chaque pays
• Le nombre absolu de morts est évidemment très important et il est peu contestable.
• Il faudrait cependant mieux distinguer les patients morts de la covid-19 ou avec la covid-19
• ex : un patient de 94 ans, insuffisant cardiaque ayant eu récemment une pneumonie et qui a un PCR positif est-il mort "de" ou "avec" la covid-19
• Si la maladie est la "goutte d'eau qui fait daéborder le vase", on peut ne pas la comptabiliser dans la mortalité
• Certains pays comptabilisent tous les morts ayant un test diagnostique positif (ex : Belgique)
• Nous ne serons capables d'évaluer cette erreur que dans 2 ou 3 ans en notant les différentiels de mortalité générale
• Le chiffre le moins contestable est le nombre de morts par millions d'habitants sur toute la durée de l'épidémie
• Le tableau suivant montre ce chiffre en regard des mesures prises par les différents pays. (mis à jour du 6 décembre 2020)

• Quelle que soit notre opinion sur le confinement, les tests, le niveau des soins ou le port du masque, on trouve toujours un pays qui peut la confirmer ou l'infirmer !
• Cela signifie que les facteurs de protection ont un poids relativement faible dans la dynamique d'une virose respiratoire aussi contagieuse
• Beaucoup d'autres facteurs ont un poids plus fort dans la mortalité par million d'habitants
• Facteurs démographique : la mortalité est évidemment plus forte si la proportion des personnes âgées est élevée
• Facteurs médico-sociaux
• Nombre de personnes plus vulnérables (obèses, hypertendus, diabétiques, insuffisants respiratoires ou cardiaques)
• Conditions de logement, précarité
• Facteurs immunologiques, par exemple, les populations asiatiques ont une meilleure protection
• Les épidémies de coronavirus sont documentées en Asie de l'Est depuis 25000 ans !
• Le SRAS Cov1 de 2013 a eu peu d'extension en Asie, malgré sa grande virulence. (il n'a heureusement pas atteint l'Europe)
• La Covid-19 est bien moins sévère en Asie indépendamment des mesures prises par les divers pays
• Facteurs génétiques :
• Différences génétiques entre populations (ex : polymorphisme des gènes "serrures" ACE1 et ACE2)
• Facteurs écosystémiques
• Les mutations virales peuvent varier en fonction de leur environnement local
• Evolution générale des épidémies
• Les épidémies dans le monde végétal, animal et humain n’ont jamais cessé et ne cesseront jamais.
• L’hygiène et les vaccins les ont beaucoup diminuées en fréquence et en intensité.
• Les épidémies d’aujourd’hui sont toutes moins meurtrières que celles du passé.
• Avec ou sans intervention médicale, les épidémies cessent toujours pour plusieurs raisons isolées ou cumulées :
• Le microbe (virus ou bactérie) a tué toutes les personnes réceptives ou vulnérables
• Le microbe a perdu naturellement de sa virulence
• Un nouveau microbe entre en concurrence avec lui (possible concurrence entre grippe et Covid-19 ?)
• L’immunité de groupe a été acquise progressivement
• La maladie devient endémique (hépatites, SIDA, paludisme, dengue, viroses respiratoires) et parfois le microbe co-évolue avec son hôte (tuberculose)
• Le virus disparaît par vaccination (variole) (Un virus qui touche plusieurs espèces ne peut pas disparaître par vaccination)
• Le virus disparaît naturellement (SRAS Cov1)
• Il faut bien comprendre que les virus obéissent aux lois de l’évolution
• Leur principal but est de se reproduire
• S’ils tuent leur hôte, ils meurent avec lui et ratent leur reproduction
• La virulence n’est donc jamais une bonne stratégie
• Il est donc exceptionnel qu’une maladie soit à la fois très grave et très contagieuse
• Le SIDA est très grave et très peu contagieux
• La grippe est peu grave et très contagieuse
• Heureusement, très rares sont les maladies qui comme la peste pulmonaire et la variole ont été à la fois très graves et très contagieuses
• La contagiosité d’un microbe s’évalue de 2 façons : R0 (Rzéro) et incidence
• Le R0 est le nombre de personnes qu’un porteur (sain ou malade) peut contaminer
• Le R0 de la covid-19 se situait entre 3 et 5 en début d'épidémie (très élévé) 
• Le R0 diminue lorsque l'immunité de groupe augmente (il faut 2/3 d'immunisés sir le R0 est de 3, ou 50% sir le R0 est de 2)
• L’épidémie diminue quand le R0 devient inférieur à 1
• L'immunité collective contre le covid-19 est encore mal connue (probablement inférieure à 20% en France en décembre 2020)
• L’incidence est le nombre de personnes contaminées dans la population générale
• Très difficile à évaluer quand la maladie est bénigne ou asymptomatique
• Les tests viraux positifs (PCR) informent sur la contamination, mais pas sur la gravité de l’épidémie
• Seuls comptent les cas cliniquement évidents
• La virulence d’un microbe s’évalue avec deux chiffres principaux
• La létalité : taux de morts parmi les malades (de 2% à 5% au début de l’épidémie de covid-19, et deux fois moins aujourd’hui)
• La mortalité : taux de morts dans toute la population (0,08% en France)
• Pour les maladies peu graves on parle souvent en morts par million d’habitants (806 en France au 5/12/2020)
• Les viroses respiratoires évoluent généralement par vagues
• Il s’agit le plus souvent de vagues saisonnières (grippe, rhinovirus, etc.)
• Le rythme et l’intensité des vagues dépendent de 3 facteurs majeurs
• Durée de l’immunité induite (4 à 12 ans pour une souche de  grippe, moins d’un an pour la plupart des virus respiratoires, inconnue pour la covid-19)
• Mutations du virus
• Immunité de groupe (logiquement retardée par le confinement)

Partie VI : Évolution de la covid-19 due au SRAS Cov2

• À ses débuts, elle était un peu trop grave pour une maladie aussi contagieuse
• On pouvait la comparer aux épidémies de grippe de 1957 et 1969. Elle se situe aujourd'hui entre les deux
• Elle a toujours été bénigne chez les enfants et apparaît sans danger pour l'embryon et le foetus (moins que la grippe !)
• Aujourd’hui, la virulence semble avoir diminué pour diverses raisons possibles
• possibles mutations du virus (ex : Δ382 ?)
• les personnes les plus fragiles sont déjà décédées
• la prise en charge des patients s'est améliorée
• Par contre, la contagiosité reste encore élevée
• Le R0 est supérieur à 1 dans les régions où la première vague a été faible
• La deuxième vague nationale est plutôt la somme des premières vagues de certaines régions.
• Les décès par Covid-19 surviennent essentiellement chez des personnes âgées
• 93% des décès surviennent chez les plus de 65 ans (Comme pour toutes les maladies !)
• La moyenne d’âge des décès est de 80 ans
• Les décès sont également plus fréquents dans les classes défavorisées (comme pour la majorité des maladies !)
• 84% des décès surviennent essentiellement en cas de comorbidité (le tableau suivant donne un total supérieur, car il y a parfois plusieurs comorbidités chez le même individu)

Partie VII : Aspects cliniques et thérapeutiques de la covid-19 ,

• L'infection par le SARS Cov2 est souvent asymptomatique (Il n'y a donc pas de maladie déclarée)
• Lorsqu'il y a des symptômes :
• Ce sont ceux d'un syndrome grippal classique : fièvre, toux, douleurs musculaires, maux de tête, maux de gorge, fatigue
• Certains sont plus typiques de la covid-19 : nausées, vomissements, diarrhée, perte de l'odorat et du goût
• Chez les personnes âgées : difficultés respiratoires et confusion sont des signes de gravité
• Chez les enfants, tous les symptômes sont plus légers et se limitent parfois à des vomissements
• Chez les femmes enceintes, les symptômes sont plus légers, il n'y a pas de risque pour le bébé, mais certaines femmes ont des formes assez graves
• Les signes de gravité sont d'ordre respiratoire :
• Augmentation de la fréquence respiratoire
• Signes de pneumonie à la radio
• Baisse de la saturation en oxygène (SpO2 mesurée simplement avec un oxymètre de pouls)
• Les signes d'alerte justifiant une hospitalisation sont les suivants :
• Température supérieure à 40°
• Fréquence respiratoire > 24/min
• Pression artérielle inférieure à 10 (100 mm Hg)
• Confusion ou baisse de la vigilance
• Peau marbrée
• Froideur des extrêmités
• SpO2 < 92%
• Il est important de savoir que les signes d'aggravation surviennent en moyenne 10 jours après les premiers symptômes
• Les formes graves surviennent surtout chez les personnes de plus de 65 ans et en cas de comorbidités (tableau ci-dessus)
• Les tests
• Il existe actuellement 3 tests qui permettent de confirmer le diagnostic de l'infection
• Le test rt-PCR qui détecte le génome du virus; il se fait par prélèvement nasal, il est assez précis (20% de faux négatifs et 5% de faux positifs)
• Le test antigénique, également par prélèvement nasal. Le résultat est plus rapide mais bien moins précis
• Le test rapide d'orientation diagnostique (TROD) sur une goute de sang est encore moins précis
• le test sérologique par prise de sang ne sert pas au diagnostic, mais pour savoir si l'on est immunisé (soit après la maladie, soit après le vaccin)
• Les traitements
• Les formes bénignes ne nécessitent aucun traitement (il faut simplement boire plus d'eau)
• Il n'existe aucun antiviral actif contre le virus lui-même
• l'hydroxychloroquine est inefficace, malgré les polémiques assez pitoresques dans notre pays
• Le remdesivir est inefficace, malgré le marketing odieux du laboratoire Gilead
• Le lopinavir et ritonavir ont été testés sans succès
• Le plasma de convalescent, parfois utilisé dans les maladies infectieuses, est ici inefficace
• Les seuls traitements sont symptomatiques mais ils peuvent diviser par deux la mortalité des formes graves
• Oxygénothérapie (sonde nasale, pression positive ou intubation)
• Corticoïdes (dexaméthasone) en cas de forte réaction inflammatoire (orage cytokinique)
• Anticoagulants pour éviter les thromboses
• Quelques molécules sont testées sans résultat probant pour l'instant : FX06, anticorps monoclonal LY-Cov555, famotidine, des neuroleptiques, des peptides mimant l'ACE2, ivermectine, etc.
• Les vaccins
• Ils sont évidemment la meilleure solution théorique et pratique contre la covid-19
• La recherche a été particulièrement rapide
• Il a fallu moins d'un an pour mettre au point les premiers vaccins, contre 3 à 6 ans habituellement
• Cette rapidité est due aux progrès technologiques, à l'incitation des gouvernements et à l'enjeu financier
• Hélas, cette rapidité inquiète les citoyens qui craignent un moins bon contrôle.
• On peut cependant être certain que les contrôles de sécurité sont bons, même si nous n'avons pas encore de surveillance à long terme
• Tous les vaccins visent la protéine Spike qui permet au SRAS Cov2 de pénétrer dans nos cellules (la "clé".)
• Il existe actuellement 5 à 10 vaccins achevés ou en cours d'achèvement. Ils sont de 4 types différents
• Soit à base d'adénovirus modifiés de rhinites de chimpanzé ou d'homme
• Soit des virus inactivés classiques
• Soit des vaccins acellulaires visant plus particulièrement la protéine S
• Soit des vaccins basés sur la nouvelle technologie de l'ARN messager
• Le taux d'efficacité annoncé par les fabricants est supérieur à 90° pour les vaccins à ARNm et à 70% pour les autres
• Il reste logiquement quelques inconnues
• Durée de l'immunité acquise et échappement possible du virus à cette immunité
• Efficacité du vaccin sur les formes sévères
• Fréquence des rappels nécessaires (possiblement comme pour la grippe d'après les premières données)
• Efficacité sur les personnes âgées (ex : le vaccin antigrippal est moins efficace sur les personnes immunosénescentes)

Partie VII : Particularités sociales des nouvelles épidémies

• Malgré la diminution des épidémies en nombre et en gravité, nous avons radicalement modifié notre façon de les considérer.
• C’est paradoxalement cette diminution effective qui a majoré notre besoin de sécurité sanitaire jusqu'à l'illusion de l'immortalité
• La dramatisation par les médias augmente à chaque nouvelle épidémie et se répercute inévitablement sur les décisions politiques
• La majoration du stress sur la population peut éventuellement être contre-productive en majorant l'inflammation et en diminuant les défenses immunitaires
• Les nouveaux principes éthiques imposent des soins identiques à tout âge, même si le gain d'années-qualité de vie est faible
• Les stratégies de santé publique ne se décident plus au niveau national ou régional, mais au niveau mondial.
• La rapidité des publications diminue leur rigueur scientifique et finit par dégradxer l'image de la science dans l'opinion
• Ainsi, dans une société complexe où le pouvoir est éclaté, la gravité d'une épidémie peut déborder le cadre strict de la virulence du virus